Stofnkostnaður við gerð Landeyjahafnar var um það bil á áætlun, um þrír milljarðir króna, þegar hún var opnuð í júlí árið 2010. Samkvæmt skýrslu Ríkisendurskoðunar kom þó snemma í ljós að dýpkunarframkvæmdir þyrftu að vera mun umfangsmeiri en gert var ráð fyrir.
Áætlað var að kostnaður við dýpkun hafnarinnar yrði um 60 milljónir króna á ári en á tímabilinu 2011-2020 reyndist kostnaðurinn vera um 227-625 milljónir króna á ári. Samanlagt kostaði viðhaldið á þessum tíu árum um 3,7 milljarði króna. Ríkisendurskoðun gagnrýnir það að kostnaður við viðhaldsdýpkun hafi verið færður sem fjárfestingakostnaður en ekki rekstrarkostnaður.
Nauðsynlegt að ráðast í úttekt
Samkvæmt skýrslunni er það nauðsynlegt að ráðast í heildstæða úttekt á Landeyjahöfn svo hægt se að skera úr því hvað raunverulegar endurbætur kosti og hvort fýsilegt sé að grípa til aðgerða sem bæta nýtingu hafnarinnar í stað þess að kosta miklu til viðhaldsdýpkunar á ári hverju.
Ríkisendurskoðun telur að Vegagerðin hefði þurft að ígrunda betur kaup á botndælubúnaði fyrir höfnina en í ljós kom að afköst búnaðarins myndu ekki réttlæta kostnað við uppsetningu og því var hætt við verkið eftir að búnaðurinn var keyptur.